nf-core 流程部署 Skill 实用教程

欢迎来到 nf-core 生物信息学流程部署教程！本教程帮助你使用 nf-core 的标准化流程对测序数据进行大规模分析，包括 RNA-seq、全基因组和 ATAC-seq 等。

nf-core 是一个社区驱动的项目，提供经过最佳实践验证的生物信息学分析流程。这些流程基于 Nextflow 框架，可以在各种计算平台（本地、HPC、云）上运行，并且具有高度的可重复性和可移植性。

本教程将指导你完成以下内容：

• 在本地计算机或公共数据库（GEO/SRA）获取测序数据
• 配置运行环境
• 选择合适的数据分析流程
• 创建样本信息表
• 配置并运行分析流程
• 验证和解读结果

核心价值

• 开箱即用：无需手动构建复杂的分析流程
• 最佳实践：采用社区验证的标准工具和参数
• 可重复性：相同的输入总是得到相同的结果
• 可扩展性：从单个样本到数千个样本
• 跨平台：本地、HPC、云环境无缝切换

适合谁使用？

• 实验台科学家（生物、医学等领域）
• 需要分析测序数据的研究人员
• 没有专业生物信息学背景的研究者
• 需要标准化分析流程的实验室